يعتبر قسم العلوم من اهم وأكبر أقسام المدرسة العليا للأساتذة مسعود زغار بسطيف، حيث يشغل العدد الأكبر من التخصصات والأساتذة. يضمن القسم تعليم وتكوين أساتذة المستقبل لمصلحة قطاع التربية الوطنية حيث يوفر طورين تعليمين اثنين من الدراسة: بكالوريا+5 سنوات من أجل نيل شهادة أستاذ التعليم المتوسط، بكالوريا + 6 سنوات من أجل نيل شهادة أستاذ التعليم الثانوي ويستقبل كل سنة عددا معتبرا من الطلبة المتفوقين في شهادة البكالوريا من مختلف ولايات الوطن (سطيف، بجاية، جيجل، ميلة، برج بوعريريج، باتنة، مسيلة). يضم القسم ثلاثة تخصصات لثلاث ميادين علمية مختلفة
1- تخصص الرياضيات (ميدان الرياضيات والاعلام الي) : يعتمد البرنامج المتبع على التكوين الأساسي في الرياضيات (الجبر، الهندسة ، التحليل ، الإحصاء والاحتمالات) إضافة الى وحدات تعليمية أخرى كالفيزياء والكيمياء، الاعلام الالي، تاريخ العلوم وعلوم التربية، التشريع المدرسي تاريخ وتعليمية الرياضيات.
2- تخصص الفيزياء (ميدان علوم المادة): يعتمد البرنامج المتبع في التكوين أساسا على وحدات تخصصي الفيزياء (الالكترونيات، البصريات، الكهرباء، الميكانيك وعلم الفلك.......) والكيمياء (الكيمياء العضوية وغير العضوية بنية المادة والديناميكا الحرارية، الكيمياء الصناعية) إضافة الى وحدات تعليمية أخرى كالرياضيات، تاريخ العلوم، علوم التربية، التشريع المدرسي تاريخ وتعليمية الفيزياء والكيمياء وتكنولوجيا الاعلام والاتصال.

3- تخصص علوم طبيعية (ميدان علوم الطبيعة والحياة): يهتم هذا التخصص بدراسة مختلف الظواهر والعمليات التي تحدث في الكون عن طريق تداخل علوم الأحياء وعلوم الأرض وقوانين الفيزياء والتفاعلات الكيميائية. ويرتكز أساسا على وحدات تعليمية تطبيقية مختلفة تشمل مجالات علوم الطبيعة والحياة (علم الحيوان، علم النبات، علم الاحياء، والبيوكيمياء) وعلوم الأرض والكون (الجيولوجيا، علم الصخور، علم التربة، علم البيئة وعلم الزراعة) إضافة الى وحدات أخرى كالكيمياء، الرياضيات والاعلام الالي، تاريخ العلوم وعلوم التربية، التشريع المدرسي وتعليمية العلوم. في تخصصي العلوم الطبيعية والفيزياء يعتمد التكوين ايضا على الجانب التطبيقي من خلال الأعمال التطبيقية في المخابر ومن خلال برمجة خرجات ميدانية علمية.
يستفيد كل الطلبة المقبلين على التخرج باختلاف التخصص والطور من تربص ميداني بالمؤسسات التربوية لتأهيلهم للولوج الى ميدان التربية والتعليم بكل اريحية، كما يقومون بإنجاز مذكرة نهاية الدراسة مما يمكنهم من التعرف على مبادئ واساسيات البحث العلمي. يسهر على تكوين طلبة القسم وتأطيرهم نخبة من الأساتذة الباحثين برتب علمية مختلفة ويغطون مختلف مجالات العلوم الدقيقة، علوم الطبيعة والحياة وعلوم الأرض والكون (الرياضيات، الفيزياء، الكيمياء، الاعلام الالي ومختلف العلوم الجيولوجية والبيولوجية). تماشيا مع توجه وزارة التعليم العالي والبحث العلمي يضمن القسم التكوين في الطور الثالث (الدكتوراه) في الرياضيات وفي تخصصين الجبر والرياضيات التطبيقية، نظم القسم منذ افتتاحه سنة 2016 إلى يومنا هذا عدة أيام دراسية وملتقيات وطنية ودولية.